Gegenstück zum landesfürstlichen Geheimen Archiv. Die wertvollsten Diplome und wichtigsten Akten wurden ab 1806 nach Wien, auf Bayern bezügliches Material ab 1810 nach München verbracht. Der in Salzburg verbliebene Rest gelangte nach der Säkularisierung des Domkapitels und der Inkammerierung seines Besitzes 1828/30 in die staatliche Zentralregistratur. Wichtig sind insbesondere die Protokollserie und die Produkte aus der Verwaltung des ausgedehnten Grundbesitzes des Domkapitels.

Buchförmige Archivalien:

• Traunstein, Amt Seehaus: 1 (14.Jh.), 399 (16.Jh.), 26, 236 (17.Jh.), 20, 103c, 400-410 (18.Jh.) (Bayr) .
• Windisch-Matrei: 11, 86 (17.Jh.) (Tir) .

Akten (vorwiegend 17., 18.Jh.):

• "Bayerische Sachen", Propsteien Weyarn und Höglwörth, Amt Seehaus, Verwaltungen Reichenhall und Traunstein (Bayr) .
• "Tirolerisches Kapital", Verwaltung Windisch-Matrei (Tir) .