Das Archivio di Stato di Varese wurde am 29. August 1963 als Abteilung des Staatsarchivs gegründet. Am 30. September 1963 wurde es zum Staatsarchiv erhoben. 1966 - seitdem das Archiv einen eigenen Sitz hat - begann die Zusammenführung von Archivgut, das vor den 40er Jahren enstanden war und welches in den staatlichen Einrichtungen verwahrt worden war, die ihren Sitz in dem Gebiet der heutigen Provinz haben, die am 2. Januar 1927 gegründet worden war und die sich aus ehemaligen Gebieten der Provinzen Mailand und Como zusammensetzt. Diese Zusammenführung ist noch nicht abgeschlossen. Es darf nicht vergessen werden, daß umfangreiches Registraturgut der staatlichen Einrichtungen der heutigen Provinz an das Archivio di Stato di Milano abgeliefert worden war und während des Brandes des Palazzo del Senato im August 1943 verloren ging. Folgendes Archivgut wurde dabei zerstört: Akten der Sottoprefettura di Gallarate (Unterpräfektur), der Sottoprefettura di Varese, dem Ufficio di P.[ubblica] S.[icurezza] (Polizei), dem Telegrafenamt von Varese, der Agenzia del Tesoro dei circondari di Gallarate (Außenstelle der Kreisschatzkammer), der Giudicatura di pace di Gallarate, Somma und Verbünden (Friedensrichter). Im Hinblick auf die Gründung der Provinz muß bei der Erforschung des Archivguts, das in diesem Archiv verwahrt wird, immer auch das Archivgut, das sich in den Staatsarchiven von Mailand und Como befindet, berücksichtigt werden. Unter den wichtigsten Beständen (Ufficio delle ipoteche di Varese, Sottoprefettura di Varese, Tribunale civile e penale di Varese, Atti Catastali) befinden sich die Katasterakten der Nachbarländer der Schweiz.

Die Notariatsakten, die sich auf die heutige Provinz Varese beziehen, befinden sich teilweise im Archivio di Stato di Milano, teilweise im Archivio di Stato di Como, da in Varese kein Notariatsarchiv gegründet wurde.