Nach dem Untergang des Teilherzogtums Bayern-Landshut im Jahre 1505 wurde dessen Archiv auf die Rechtsnachfolger, das Herzogtum Bayern und das Fürstentum Pfalz-Neuburg aufgeteilt. Ab 1753 richtete die Münchener Hofkammer auf der Burg Trausnitz in Landshut ein Depot für die Ämterrechnungen Ober- und Niederbayerns und der Oberpfalz ein, ab 1799 brachte hier auch der Geistliche Rat die altbayerischen Kirchenrechnungen unter. Dieses "Rechnungsarchiv" bildete den historischen Kern des 1809 in die bayerische Archivverwaltung einbezogenen Archivkonservatoriums (seit 1812), Kreisarchivs (seit 1875) und Staatsarchivs (seit 1921). Dieses mußte aufgrund des zur Verfügung stehenden Raumangebots neben den in seine regionale Zuständigkeit fallenden Abgaben niederbayerischer Behörden lange Zeit auch umfangreiche Bestände zentral- und oberbayerischer Behörden aufnehmen. Ein Großbrand am 21. Oktober 1961 führte zum Verlust von 4000 Bänden, aber auch zu einer modernen Archiveinrichtung bei der Wiedererrichtung des sogen. Fürstenbaus. Im Zuge der Neustrukturierung der Bestände in Landshut und im gesamten altbayerischen Archivbereich kam es zu einer umfassenden Beständebereinigung vor allem mit dem Bayerischen Haupstaatsarchiv und dem Staatsarchiv München (s. dort), die dem Staatsarchiv Landshut erstmals eine territorial und funktional eindeutig bestimmte Zuständigkeit und eine Beständestruktur auf der Grundlage des Provenienzprinzips gab.

Für die Zeit vor den Umwälzungen zu Beginn des 19.Jh. wird die Tektonik des Archivs geprägt von den Beständen der beiden niederbayerischen Rentämter Landshut und Straubing (1507-1799/1802). Aus der Zeit vor 1507 sind nur Archivalien vorhanden, die über Adelsarchive, darunter Ering, Kronwinkl, Moos, erwachsen sind oder der staatseigen gewordenen Sammlung des Historischen Vereins für Niederbayern angehören. Für die ehemals in Niederbayern gelegenen Reichsstände Hochstift Passau und Grafschaft Ortenburg wie auch für die aufgehobenen mediaten Klöster und Stifte dieses Raumes ist das Bayerische Hauptstaatsarchiv zuständig.