L'Archivio di Stato di Varese fu istituito come Sezione di Archivio di Stato il 20 agosto 1963. Divenne Archivio di Stato il 30 settembre 1963. Nel 1966 - da quando l'istituto dispone di una propria sede - si è iniziata la concentrazione degli atti, anteriori al quarantennio, conservati negli uffici statali, aventi sede nel territorio dell'attuale provincia, istituita il 2 gennaio 1927, con territori già appartenenti alle province di Milano e di Como. Detta concentrazione non è ancora ultimata. Va ricordato che alcune serie documentarie provenienti da uffici statali dell'attuale provincia erano state versate nell'Archivio di Stato di Milano, anteriormente all'ultimo conflitto e andarono perdute nel tragico incendio del Palazzo del Senato nell'agosto 1943. Subirono la distruzione: Sottoprefettura di Gallarate; Sottoprefettura di Varese; Ufficio di P.[ubblica] S.[icurezza]; Telegrafi di Varese; Agenzia del Tesoro dei circondari di Gallarate; Giudicatura di pace di Gallarate, Somma ed uniti. In ragione della costituzione della provincia l'esame della documentazione conservata nell'istituto va integrata sempre con quanto si conserva negli Archivi di Stato di Milano e Como.

Tra i fondi più importanti (Ufficio delle ipoteche di Varese, Sottoprefettura di Varese, Tribunale civile e penale di Varese, Atti Catastali) si segnalano gli atti del Catasto, per i paesi che si trovano sul confine con la Svizzera.

Gli atti notarili, riguardanti il territorio dell'attuale provincia di Varese, si trovano in parte presso l'Archivio di Stato di Milano, in parte presso quello di Como, non essendo stato costituito in Varese l'Archivio Notarile.